1941-ci ildə Heydər Əliyev Naxçıvan Muxtar Sovet Sosialist Respublikası Xalq Daxili İşlər Komissarlığına işə qəbul edilmiş, daha sonra Naxçıvan MSSR Xalq Komissarları Sovetində şöbə müdiri işləmişdir. 1944-cü ildə o, Naxçıvan Vilayət Partiya Komitəsi tərəfindən dövlət təhlükəsizlik orqanlarına işə göndərilmişdir.

Leninqradda (indiki Sankt-Peterburqda) xüsusi ali təhsil alan leytenant Əliyev Azərbaycana təyinat almışdır. Dövlət təhlükəsizlik orqanlarında işləməklə paralel olaraq o, 1957-ci ildə Azərbaycan Dövlət Universitetini bitirmişdir. Tutduğu vəzifələrdə pillə-pillə yüksələn Heydər Əliyev 1964-cü ildə Azərbaycan SSR Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsi sədrinin müavini, 1967-ci ildə isə komitənin sədri vəzifəsinə irəli çəkilmişdir. Heydər Əliyev Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsində fəaliyyəti dövründə bu mühüm strukturun azərbaycanlılaşdırılması üçün öz xalqı qarşısında misilsiz xidmətlər göstərmişdir.

Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin (AKP MK) 1969-cu ilin iyulunda keçirilən plenumunda Heydər Əliyev AKP MK-nın birinci katibi və MK-nın büro üzvü seçilmişdir. Bununla Heydər Əliyevin Azərbaycana rəhbərliyinin birinci dövrü başlamışdır. Azərbaycana  rəhbərliyinin birinci dövründə o, respublikada xalq təsərrüfatına və mədəni quruculuğa rəhbərliyi əsaslı surətdə yaxşılaşdırmaq, dövlət və əmək intizamını möhkəmləndirmək, kadrların məsuliyyətini artırmaq siyasətini həyata keçirirdi. Onun bu sahədə gördüyü işlər Moskvanın diqqətini cəlb etmiş və o, 70-ci illərdə Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin (Sov. İKP MK) üzvlüyünə namizəd seçilmişdir.

1976-cı ildə o, Sov.İKP MK Siyasi Bürosu üzvlüyünə namizəd seçilmişdir. SSRİ Konstitusiya Komissiyasının üzvü kimi Sovet İttifaqının yeni konstitusiyasının yaradılmasında fəal iştirak etmiş, eyni zamanda, Azərbaycan SSR yeni konstitusiyasını yaradan komissiyanın sədri olmuşdur. Həmin konstitusiyaya görə Azərbaycan dili Azərbaycan SSR-in dövlət dili elan edilmişdir.

Heydər Əliyevin Azərbaycana rəhbərlik etdiyi ilk illərdən mükəmməl iqtisadi inkişaf konsepsiyası hazırlanmış, ənənəvi təsərrüfat sahələrinin şöhrəti və səmərəliliyi bərpa edilmiş, yeni-yeni istehsal sahələrinin  istiqamətlərinin əsası qoyulmuş, iqtisadiyyatın sənaye bazası genişləndirilmiş və müasirləşdirilmişdir. Nəticədə, Azərbaycanın iqtisadi potensialı güclənmişdir. Heydər Əliyevin respublikaya rəhbərlik etməsinin birinci dövründə (1969-1982) idarəetmə mexanizmi və metodlarının təkmilləşdirilməsi, qanunçuluğa ciddi əməl edilməsi, əmək və ictimai-siyasi fəallığın artırılması, kənd təsərrüfatının inkişafı sahələrində yüksək göstəricilər əldə edilməklə yanaşı, azərbaycançılıq məfkurəsinin, milli ruhun, milli-mənəvi özünüdərkin, mədəniyyətin yüksəlişi, xalqın tarixi yaddaşının özünə qaytarılması, soykökü əsasında millətdə müstəqil dövlətçilik ideyalarının güclənməsi və reallaşması üçün də çox mühüm işlər görülmüşdr. Heydər Əliyevin respublikaya rəhbərliyinin birinci dövrü ictimai-iqtisadi inkişafın və milli-mədəni oyanışın bütün sahələrində sürətli inkişaf dövrü olmuşdur.

1982-ci ilin noyabrında Heydər Əliyev Sov.İKP MK Siyasi Büro üzvü seçilmiş, eyni zamanda SSRİ Nazirlər Soveti sədrinin birinci müavini təyin edilmişdir. SSRİ kimi nəhəng bir dünya dövlətinin ali rəhbərliyinə ucalmaqla Heydər Əliyev dövlət idarəçiliyi istedadı və bacarığı nümayiş etdirmişdir.

Heydər Əliyev SSRİ-nin ali rəhbərliyi tərkibində fəaliyyət göstərdiyi dövrdə xalq təsərrüfatına rəhbərliyin bütün sahələrində tükənməz dövlət idarəçiliyi istedadı nümayiş etdirmiş, xüsusilə elm, təhsil, mədəniyyət və səhiyyənin inkişafına böyük qayğı göstərmişdir. Fəaliyyətinin Moskva dövründə də o, daim Azərbaycanı düşünmüş, onun taleyi ilə yaşamış, respublikanın tanıdılmasında

əlindən gələni etmişdir. Sovet dövlətinin rəhbərliyinə daxil olan vəzifəli şəxs kimi o, bir çox dünya ölkələrində olmuş, rəsmi səfərlər etmişdir.

Sovet dövlətinin tərkibində fəaliyyəti dövründə Heydər Əliyev 2 dəfə Sosialist Əməyi Qəhrəmanı adına (1979 və 1983-cü illərdə), 4 dəfə Lenin ordeninə, Qırmızı Ulduz ordeninə layiq görülmüş, bir çox medallarla təltif edilmişdir.

Heydər Əliyev 1987-ci ilin oktyabrında Sov.İKP MK Siyasi Bürosunun və şəxsən baş katib M.S.Qorbaçovun yeritdiyi səhv xəttə, onun antiazərbaycan siyasətinə etiraz əlaməti olaraq tutduğu vəzifələrdən istefa vermiş və mövcud rejimə qarşı müxalif mövqe tutmuşdur.

Azərbaycanda XX əsrin 80-ci illərinin sonunda sovet rejiminə qarşı başlayan azadlıq mübarizəsini boğmaq üçün müxtəlif vasitələrdən istifadə edən Moskva rəhbərliyi 1990-cı ilin 20 yanvarında Bakıya silahlı qüvvələr yeritmiş, burada qanlı qırğın törətmişdir. Qanlı qırğının ertəsi günü Heydər Əliyev Azərbaycanın Moskvadakı nümayəndəliyində verdiyi cəsarətli bəyanatında Azərbaycan xalqına qarşı silah işlədilməsini qətiyyətlə pisləmiş, Azərbaycan xalqının qurtuluş mübarizəsinin qarşısının alınmasının mümkünsüzlüyünü vurğulamışdır.   Mübariz mövqeyini davam etdirən Heydər Əliyev Dağlıq Qarabağda münaqişə ilə bağlı mərkəzin ikiüzlü siyasətinə, erməni tərəfini dəstəkləməsinə etiraz əlaməti olaraq Sov.İKP sıralarını tərk etmişdir.

Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev əvvəl Bakıya gəlmiş, sonra isə Naxçıvana getmişdir. Siyasi fəaliyyətinin Naxçıvan dövrü, xüsusilə onun Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri vəzifəsində çalışdığı illər muxtar respublikanın siyasi, sosial-iqtisadi və  mədəni inkişafının çətin, eyni zamanda, əlamətdar dövrüdür. Heydər Əliyev, birinci növbədə, Naxçıvanı Ermənistanın silahlı təcavüzü və  işğalı təhlükəsindən xilas etdi. Onun təşəbbüsü ilə muxtar respublikanın adından "sovet sosialist" sözlərinin çıxarılması, üçrəngli bayrağın dövlət bayrağı kimi qəbul edilməsi haqqında qərarlar qəbul olundu. Blokada şəraitində olan muxtar respublikanın iqtisadi problemlərinin həllinə ciddi diqqət yetirildi. Qonşu Türkiyə və İranla əlaqələr yaradıldı. Naxçıvanı Türkiyə ilə birləşdirən "Ümid körpüsü", İranla nəqliyyat daşımalarını genişləndirən "Şahtaxtı–Podəşt" körpüsü inşa edildi.

Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin sessiyalarında fəal iştirak edən Heydər Əliyev mövcud ictimai-siyasi vəziyyəti obyektiv təhlil edərək cəmiyyəti dərindən düşündürən problemlər barədə mühüm ideyalar irəli sürmüş, siyasi və iqtisadi böhranın aradan qaldırılması yolları barədə fikirlər söyləmişdir. Hələ 1991-ci ildə Dağlıq Qarabağ münaqişəsinin səbəblərini aşkara çıxararaq o demişdir: "Yaranmış  vəziyyətin günahkarı hakimiyyətdə olan Kommunist Partiyasının Mərkəzi Komitəsi, partiya və dövlət hakimiyyətini ələ keçirmiş Qorbaçovdur".

SSRİ rəhbərliyinin müttəfiq respublikaları guya yeni ittifaq yaratmağa çağıran təklifinə qarşı çıxış edən Heydər Əliyev bununla bağlı referendumda iştirak edib-etməmək məsələsində öz qətiyyətli mövqeyini belə ifadə etmişdir: "Mən yeni ittifaqa daxil olmağın və bunun üçün referendum keçirməyin heç bir şərt qoymadan əleyhinəyəm. Azərbaycan Respublikası iqtisadi və siyasi müstəqillik yolu ilə getməli, tam istiqlaliyyət uğrunda mübarizə aparmalıdır". Onun rəhbərliyi ilə Naxçıvanda referendum boykot edilmiş, rus Sovet qoşunları buradan çıxarılmış, 20 Yanvar hadisəsinə hüquqi-siyasi qiymət verilmişdir.

Heydər Əliyevin siyasi təcrübəsi və qətiyyəti nəticəsində Naxçıvanda sabitlik təmin olunmuş, demokratik dövlət quruculuğu formalaşmışdır. 1993-cü ilin may-iyun aylarında respublikada hakimiyyət böhranı, hərc-mərclik son həddə çatdıqda, ölkə vətəndaş müharibəsi və müstəqilliyin itirilməsi təhlükəsi qarşısında qaldıqda isə Azərbaycan xalqı Heydər Əliyevin hakimiyyətə gətirilməsi tələbini səsləndirməyə başladı. Nəticədə, Azərbaycanın o zamankı dövlət başçıları onu rəsmən Bakıya dəvət etməyə məcbur oldular.

Heydər Əliyev 1993-cü il iyunun 15-də Azərbaycan Ali Sovetinin sədri seçildi. Həmin gün Azərbaycan xalqının tarixinə Qurtuluş günü kimi daxil oldu. Bununla Heydər Əliyevin Azərbaycana rəhbərliyinin ikinci dövrü başladı. İyunun 24-dən o, Azərbaycan Respublikası prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirməyə başladı.

1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikasının prezidenti seçildi. Onun Azərbaycan rəhbərliyinə qayıdışı ilə ölkənin ictimai-siyasi, sosial-iqtisadi, elmi-mədəni həyatında, beynəlxalq əlaqələrində dönüş yarandı, elmi əsaslara, beynəlxalq norma və prinsiplərə uyğun olaraq müstəqil dövlət quruculuğu prosesi başlandı.

Dövlətin xarici siyasəti, o cümlədən aparıcı dövlətlər və beynəlxalq təşkilatlarla əlaqələri milli maraqlara və uzaqgörən siyasi perspektivlərə əsaslanan xətlə inkişaf etməyə başladı. Prezidentin xarici siyasət məsələlərinə müstəsna əhəmiyyət verməsi, beynəlxalq miqyasda, hətta bədxahlarımız tərəfindən də etiraf edilən uğurlu və cəsarətli addımlar atması, milli məqsədlər naminə ən nüfuzlu tribunalardan bacarıq və məharətlə istifadə etməsi Azərbaycan dövlətçiliyinin bu günü və gələcəyi baxımından çox əhəmiyyətli idi. Bu illərdə milli ordu quruculuğunda ciddi dəyişikliklərə başlandı. Təcavüzkar erməni silahlı qüvvələrinin Azərbaycan ərazisindəki azğınlıqlarının qarşısı alındı, qəddar düşmənə əks-zərbələr endirildi və 1994-cü ilin mayında Ermənistan-Azərbaycan münaqişəsinin həllində ilkin mərhələ kimi cəbhə xəttində atəşkəs elan edilməsinə nail olundu.

Heydər Əliyevin fəal diplomatiyası nəticəsində dünyanın demokratik dövlətlərinin və aparıcı beynəlxalq təşkilatlarının Azərbaycana, onun zorla cəlb olunduğu silahlı münaqişəyə münasibət əsaslı surətdə dəyişdi. 1996-cı ildə keçirilmiş ATƏT-in Lissabon sammitində bu beynəlxalq təşkilatın 54 üzvündən 53-ü (Ermənistandan başqa) Dağlıq Qarabağ probleminin həllində Azərbaycanın milli mənafelərinə uyğun prinsipləri açıq şəkildə müdafiə etdi.

Heydər Əliyev Azərbaycanın təbii ehtiyatlarından və əlverişli coğrafi- strateji mövqeyindən çıxış edərək ölkənin milli mənafelərinə uyğun olan irimiqyaslı beynəlxalq iqtisadi sazişlərin işlənib-hazırlanması və həyata keçirilməsi sahəsində çox gərgin fəaliyyət göstərdi. 1994-cü ilin sentyabrında Bakıda "Əsrin müqaviləsi" adını almış neft müqaviləsi bağlandı. Bu və digər müqavilələr, ölkənin iqtisadi sistemini canlandıracaq güclü maliyyə kanalı olmaqla bərabər, çox mühüm siyasi məna kəsb edir və Azərbaycanın beynəlxalq aləmdə rolunu gücləndirən amil funksiyası daşıyır. Azərbaycan neftinin dünya bazarlarına nəql edilməsi sahəsində də uğurlu addımlar atılmışdır. "Bakı-Supsa", "Bakı-Tbilisi-Ceyhan" neft boru kəmərləri Heydər Əliyevin uzaqgörənliyi və siyasi iradəsinin rəmzlərindəndir.

Heydər Əliyevin təşəbbüsü ilə tarixi Böyük İpək yolunun bərpasına yönəlmiş beynəlxalq proqramın həyata keçirilməsində Azərbaycan aparıcı rol oynamaqdadır. Gürcüstan, Ukrayna, Azərbaycan və Moldovanın daxil olduğu GUAM birliyinin yaradılmasında və beləliklə, böyük bir coğrafi məkanda region qüvvələrinin birləşməsində də Heydər Əliyevin müstəsna xidməti olmuşdur.

Heydər Əliyev demokratik, hüquqi və dünyəvi dövlət quruculuğu sahəsində ardıcıl siyasət yeridərək ölkədə insan hüquq və azadlıqlarının başlıca prinsiplərinin bərqərar olması üçün əsaslı zəmin yaratmışdır. 1995-ci ildə ümumxalq səsverməsi yolu ilə Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasının qəbul edilməsi, çoxpartiyalılıq əsasında parlament seçkilərinin keçirilməsi, Konstitusiya Məhkəməsinin fəaliyyətə başlaması, ölüm cəzasının ləğv olunması, "Bələdiyyə seçkiləri haqqında" qanunun və bir sıra digər qanunların qəbulu və əməli surətdə həyata keçirilməsi məhz Heydər Əliyevin adı ilə bağlıdır.

Azərbaycan dövləti insan hüquq və azadlıqları sahəsində, demək olar, bütün beynəlxalq konvensiya və sazişlərə qoşulmuşdur. Əfvetmə təsisatının bərpa edilməsi, əfv fərmanları və amnistiya aktlarına əsasən minlərlə məhbus tam və ya qismən azad edilmiş, Azərbaycan Avropa Şurasına tamhüquqlu üzv kimi qəbul edilmişdir.

Ermənistanın təcavüzü nəticəsində Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün pozulması, torpaqlarımızın 20%-nin işğal olunması, 1 milyondan artıq soydaşımızın didərgin salınması haqqında həqiqətlərin dünya ictimaiyyətinə çatdırılması sahəsində çox gərgin və genişmiqyaslı iş görülmüşdür. Heydər Əliyev Ermənistan-Azərbaycan münaqişəsinin sülh yolu ilə həllinə tərəfdar olduğunu bildirmiş, bu yolda ardıcıl mübarizə aparmış, problemin sülh yolu ilə həlli baş tutmadıqda isə Qarabağın silahla azad olunacağını əzmlə bəyan etmişdir.

Heydər Əliyev türk dövlətləri arasında iqtisadi, siyasi, ədəbi-mədəni əlaqələrin möhkəmləndirilməsi sahəsində də gərgin fəaliyyət göstərmişdir. Xarici səfərlər zamanı Azərbaycan nümayəndələri ilə görüşləri, Azərbaycan diasporunun formalaşması və təşkilatlanması, onların azərbaycançılıq ideyası ətrafında sıx birləşməsi sahəsində Heydər Əliyev böyük işlər görmüşdür.

Azərbaycanın böyük siyasi və dövlət xadimi, azərbaycanlıların ümummilli lideri Heydər Əliyev 2003-cü il dekabrın 12-də Klivlend (ABŞ) şəhərində müalicədə olduğu zaman vəfat etmiş, Bakıda Fəxri xiyabanda dəfn olunmuşdur.