1836-cı ildə İsmayıl bəy yenidən Qafqaza təyinat alır. Burada ona yerli Azərbaycan əhalisindən könüllü süvari hərbi hissələr toplamaq tapşırılır. Şəki atlı milis dəstəsinin komandiri kimi o, Azərbaycanın şimal sərhədlərinin təhlükəsizliyini təmin edir.

1839-cu ildə İsmayıl bəy Qutqaşınlıya podpolkovnik, 1843-cü ildə süvari hissələr üzrə polkovnik, 1850-ci ildə süvari hissələr general-

mayoru rütbəsi verilmişdir.

İsmayıl bəyin xalq arasında böyük nüfuz sahibi olduğunu nəzərə alan rəhbərlik bir çox komissiyalara onu üzv təyin edir, kənd təsərrüfatı və sənətkarlığın inkişafı ilə bağlı məsələlərin həllini ona tapşırırdı. Belə ki, 1843-cü ildə ipək becərilməsi və ipəkçilik emalatxanalarında yeni üsullar tətbiq edilən zaman o, sadə əhalinin maraqlarını nəzərə almağa çalışır, bütün islahatların tədricən və izahlı işlərlə bərabər aparılmasını təklif edirdi.

1846-cı ildə "bəy komissiyası"-nın tərkibinə qatılan İsmayıl bəy "Ali müsəlman silkinin hüquq və imtiyazları"-nı tərtib edənlər sırasına salınır. Ümumiyyətlə, bu sahədə gördüyü işlər nəticəsində İsmayıl bəy Qutqaşınlı Rusiya kənd təsərrüfatı və coğrafiya cəmiyyətləri Qafqaz şöbələrinin üzvü seçilmişdir.

Azərbaycan mədəniyyəti tarixində İsmayıl bəyin ictimai-maarifçi işləri böyük iz qoymuşdur. Sistemli və əhatəli təhsil almamasına baxmayaraq mütaliə hesabına İsmayıl bəy Azərbaycanın on bilikli insanlarından hesab olunurdu. Müsəlman məktəblərinin  açılışını arzulayan, bu istiqamətdə əməli iş aparan İsmayıl bəy ilk belə məktəblər açılanda hədsiz dərəcədə sevinmişdi. Lakin belə məktəblər əhalinin verdiyi pul hesabına dolanmalı idi və bu, müəyyən problemlər yaradırdı. İsmayıl bəy Şamaxıda yaranan bu cür məktəblərdən birinin təmin edilməsini və  maliyyə  xərclərini öz  boynuna  götürmüşdü. Onun nümunəsi ilə başqa imkanlı Azərbaycan ziyalıları da Şamaxıda öz hesablarına müsəlman məktəbləri açmışdılar (kapitan Şirəli bəy, poruçik Mehdi bəy Hacı Əhməd Sultan oğlu,  Mahmud  bəy  Əhməd  oğlu). Sonralar bu nümunə bütün Azərbaycanda yayıldı.

1848-ci ildə Tiflisdə müsəlman məktəbi açılanda görkəmli rus mütəfəkkir və  şərqşünası N.Xanıkov Qafqaz canişininə göndərdiyi məktubda İsmayıl bəy Qutqaşınlını məktəbin hamısı təyin etməyi təklif etmiş və bildirmişdi ki, belə olan təqdirdə məktəb sürətlə inkişaf edəcək.

1852-ci ildə İsmayıl bəy çox çətinliklə də olsa, Məkkə ziyarətinə getməkçün imperatordan icazə alır. O vaxta qədər ona müsbət münasibət bəsləyən rus məmurlarının bir çoxu o, həcc ziyarətindən qayıdandan sonra ona qarşı münasibətini dəyişir. Bununla belə İsmayıl bəy öz xeyriyyəçilik tədbirlərini davam etdirir, ona kəsilmiş təqaüdün böyük hissəsini əhalinin maarifləndirilməsinə sərf edir.