Tibb fakültəsində dosent kimi çalışan alimin 1928-ci ildə işıq üzü görən fundamental elmi əsəri "Azərbaycanda sidikdaşı xəstəliyinin öyrənilməsinə dair materiallar" adlanırdı. Əsərdə alim tərəfindən toplanmış faktlar təhlil edilir, xəstəliyin yaranma səbəbləri, xüsusiyyətləri, fəsadları, müalicə yolları araşdırılırdı.

1929-cu ildə M.Mirqasımov universitetin tibb fakültəsinin professoru seçilmişdir.

1930-cu ildə universitetin tibb fakültəsi bazasında Azərbaycan Tibb İnstitutu açıldı. Mirəsədulla Mirqasımov burada hospital cərrahiyyə kafedrasının professoru və müdiri seçilmiş, uzun illər bu vəzifədə çalışmışdır. 1933-cü ildə alimin  "Qısaca  ümumi  cərrahiyyə  kursu" monoqrafiyası işıq üzü gördü. Əsər cərrahlıq sahəsində Azərbaycan dilində yazılmış ilk dərslik kimi qəbul edilmişdir. Onun müəllifi Azərbaycanda müasir tibb elminin əsasını qoyanlardan biri kimi respublika rəhbərliyinin diqqətini cəlb etmişdir. Üç il ərzində Azərbaycan SSR Mərkəzi İcraiyyə Komitəsinin üzvü kimi çalışan M.Mirqasımov bu mərkəzi icra hakimiyyəti orqanının işini milli ruhda qurmağa çalışırdı. O dövrdə mövcud olan şərait buna imkan vermədi və alim yenidən tibbə qayıtdı.

1934-cü ildə Azərbaycan SSR əməkdar elm xadimi fəxri adına layiq görülmüş Mirəsədulla Mirqasımov Azərbaycanda milli tibb kadrlarının hazırlanmasında böyük rol oynamışdır. Onun köməkliyi ilə minlərlə azərbaycanlı gənc tibb fakültələrinə qəbul edilir, həkim kimi fəaliyyət göstərir, on istedadlıları isə tibb elmi ilə məşğul olurdular.

1941-ci ildə faşist Almaniyası Sovet İttifaqına hücum edəndə alimin artıq 58 yaşı var idi. Yaşını və tutduğu vəzifələri, topladığı təcrübəsini nəzərə alaraq Bakı hospitallarından birində cərrah kimi fəaliyyətinə imkan yaradılır. 1941-ci ildə o, "Ölkənin müdafiəsində cərrahiyyənin rolu" adlı kitab çap etdirir. Burada müəllif ilkin tibbi yardımın yaralının həyatının xilas edilməsində böyük rolunu qeyd edirdi. Müharibənin qalibiyyətlə qurtaracağını və  Azərbaycan elminin  inkişaf səviyyəsini nəzərə alan SSRİ rəhbərliyi respublikada Elmlər Akademiyası yaratmağa icazə verir. 1945-ci ildə Mirəsədulla Mirqasımov Azərbaycan Elmlər Akademiyasının akademiki və Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyasının ilk prezidenti seçilir.

Azərbaycanda elmi təfəkkürün mərkəzi olan Elmlər Akademiyasının yaradılması böyük hadisə idi. Yaradılanda onun tərkibində 4 şöbə var idi: neft və geokimya elmləri, neft və fizika-texniki elmlər, bioloji və kənd təsərrüfatı elmləri, ictimai elmlər. Onların tabeliyində 16 institut, 2 bölmə, 2 muzey, mərkəzi akademik kitabxana və s. qurumlar fəaliyyət göstərirdi. Elmlər Akademiyasının ilk ümumi  yığıncağı 1945-ci il martın 31-də keçirildi və həmin gün Azərbaycan Elmlər Akademiyasının yaranma tarixi hesab edilir. Azərbaycanda milli Elmlər Akademiyasının yaradılması elmi tədqiqatların inkişafı və dərinləşdirilməsi üçün yeni-yeni imkanlar açır, elmin nailiyyətlərini respublikanın inkişafında daha geniş tətbiq etməyə imkan verirdi. Fəaliyyətə başlayanda akademiyanın 15 həqiqi üzvü,

1975-ci ildə isə 49 həqiqi üzvü və 41 müxbir üzvü var idi. Azərbaycan alimləri həm sovet, həm də ümumbəşəri elmin inkişafına layiqli töhfələr vermişlər.

Tibbi araşdırmalara bilavasitə rəhbərlik edən M.Mirqasımov insan və heyvan fiziologiyası, bioloji vacib olan birləşmələrin strukturu, fiziki quruluşu və kimyəvi tərkibi istiqamətində alimlər yetişdirirdi. 1955-ci ildən Beynəlxalq Cərrahlar Assosiasiyasının həqiqi üzvü seçilən

Mirəsədulla Mirqasımov qarın  yatalağı xəstəliyi sahəsində tədqiqatlar aparırdı.

1957-1959-cu illərdə onun "Qarın yatalağının cərrahiyyəsi" adlı kitabının 1-ci və 2-ci cildləri nəşr edildi. Tibb elmində böyük rezonans doğurmuş əsər bu təhlükəli xəstəliyin cərrahi yolla müalicəsindən başqa, ümumilikdə aradan qaldırılması istiqamətində kompleks tədbirləri də işıqlandırırdı.

Akademik Mirəsədulla Mirqasımovun geniş və çoxcəhətli fəaliyyəti Lenin ordeni, 2 Qırmızı Əmək Bayrağı ordeni, Qırmızı Ulduz ordeni və medalla qiymətləndirilib.

Mirəsədulla  Mirqasımov 1958-ci ildə Bakıda vəfat edib və Fəxri xiyabanda dəfn olunub.