Heydər Nəcəfoğlu Hüseynov 1908-ci ildə Azərbaycanın qədim İrəvan şəhərində anadan olmuşdur. XX əsrin əvvəllərində Azərbaycanın tərkib hissəsi olan bu ərazi 1918-ci ildə ermənilərə verilmiş və beləliklə, Azərbaycanın qərbi üçün təhlükə meydanı yaranmışdır. Orta təhsil aldıqdan sonra Heydər Hüseynov Azərbaycana gəlmiş, burada Azərbaycan Dövlət Universitetinə daxil olmuşdur. Humanitar elmlərə böyük maraq göstərən tələbə 1931-ci ildə universiteti müvəffəqiyyətlə bitirmişdir.

1931-1932-ci illərdə Heydər Hüseynov Azərbaycan Dövlət Elmi-Tədqiqat İnstitutunun aspirantı olmuşdur. Filosof olmaq qərarına da məhz aspirantura illərində gəlmişdir. O dövrdə Sovet İttifaqının tərkibinə daxil olan müttəfiq respublikalarda sovetlərin ideologiyasının öyrənilməsinə və yayılmasına böyük diqqət yetirilirdi. Fəlsəfə kafedralarında təhsil alanlar əksər hallarda sovet ideologiyasının təməl daşını təşkil edən marksizm-leninizm ideyalarını öyrənməli, onların əsasında elmi işlər yazmalı, bu ideologiyanı əhali arasında yaymalı idilər. Heydər Hüseynov aspiranturada uğurlu elmi iş yazdıqdan sonra Ensiklopediya və Lüğətlər İnstitutuna təyinat almışdır.

XX əsrin 30-cu illərində Azərbaycanın hələ müstəqil Elmlər Akademiyası yox idi, 1935-ci ildə Moskva respublikada yalnız SSRİ Elmlər Akademiyasının Azərbaycan filialının təşkilinə icazə vermişdi. Həmin filialın tərkibindəki Ensiklopediya və Lüğətlər İnstitutunun əhəmiyyətli mövqeyi vardı. O zaman sovet ideologiyasına cavab verən əsərlər əsasən Rusiya alimləri tərəfindən yazılırdı. Onların əsərləri sonradan respublikalarda mütləq milli dillərə tərcümə edilməli idi. Bu səbəbdən də respublikalarda rus dilindən tərcümə işlərinə kömək edən lüğətlərin yazılmasına böyük diqqət yetirilir, bununla bərabər, yeni-yeni terminlər və hadisələr haqqında xalqa xəbər verən ensiklopediyalar tərtib edilirdi. Təbii ki, bu ensiklopediyalarda əsas diqqət sovetlərə, onun ideologiyasına, nailiyyətlərinə həsr olunurdu, milli xüsusiyyətlər isə kölgədə qalırdı.

Olduqca məhsuldar işləyən, bir neçə dildə sərbəst danışan, sovetlərin ideologiyasını yaxşı bilən Heydər Hüseynov kommunist rejiminin bütün tələblərinə cavab verdiyindən onu 1936-cı ildə işlədiyi institutun direktoru təyin edirlər. Lakin gənc alim rəhbərliyin göstərdiyi mövzuları öyrənməklə kifayətlənmir. Əsl vətənpərvər bir insan olan H.Hüseynov yangizli şəkildə qədim və orta əsrlərdə, həmçinin, Azərbaycanın Rusiya tərəfindən işğal edildiyi dövrdə milli ziyalılarımızın yazdıqları əsərləri axtarır, onların ədəbi və elmi irsini araşdırmağa çalışırdı.  1938-ci ildə onun nəşr etdirdiyi "Mirzə Fətəli Axundovun fəlsəfi görüşləri" adlı elmi monoqrafiyası böyük səs-küyə səbəb olur. O dövrdə M.F.Axundov (Axundzadə), A.Bakıxanov, İ.Qutqaşınlı və d. ziyalılarımız pislənilir, çarizmin sadiq qulları və ya millətçi kimi damğalanırdı. İlk dəfə Hüseynov bu ənənəyə son qoymağa çalışır və buna nail olur. Təbii ki, Stalin repressiyalarının tüğyan etdiyi bir dövrdə o, ziyalılarımızın bütün fəlsəfi fikirlərini, müsəlman və türk dünyasının inkişafı ilə bağlı mülahizələrini verə bilməzdi və odur ki, onların əsərlərindən yalnız sovetlərin qəzəbinə səbəb olmayacaq parçaları göstərirdi. Hər halda, onun xidməti ondan ibarət idi ki, bir çox ziyalılarımızın adlarını unudulmaqdan, əsərlərini tapdalanmaqdan xilas edirdi. 1939-cu ildən etibarən o bir-birinin ardınca Bəhmənyar, Nizami Gəncəvi, Məhəmməd Füzuli, Abbasqulu ağa Bakıxanov, Kazım bəy, Həsən bəy Zərdabi və digər ziyalılarımız haqqında silsilə məqalələr yazır və mətbuatda çıxış edir.

Həmin ildə o, institutda hazırlanmış "Azərbaycanca-rusca lüğət"in redaktoru olmuşdur. Dövrün alimləri tərəfindən yüksək qiymətləndirilən bu əsər sayəsində Hüseynov SSRİ Elmlər Akademiyasının Azərbaycan filialının sədr müavini seçilmişdir. O həm də Azərbaycan xalqının qatillərindən biri, S.M.Kirovun adı verilmiş Azərbaycan Dövlət Universitetində fəlsəfədən dərs deyirdi.

İlk məqalələrini marksizm-leninizm klassikləri irsinin təbliğinə həsr edən, onların əsərlərinin Azərbaycan dilinə çevrilib nəşr edilməsində xüsusi fəallıq göstərən, dialektik və tarixi materializm problemləri və rus inqilabi demokratik ideologiyası ilə çox sıx məşğul olan Heydər Hüseynov tədricən Azərbaycanda ictimai və fəlsəfi fikir tarixinin öyrənilməsi ilə məşğul olmağa başlayır, bəzi hallarda isə onun gəldiyi nəticələr sovet ideologiyası ilə ziddiyyət təşkil edirdi. Elə bu səbəbdən də 1940-cı ildə o, Ensiklopediya və Lüğətlər İnstitutunun direktoru və SSRİ Elmlər Akademiyasının Azərbaycan filialının sədr müavini vəzifələrindən uzaqlaşdırılır. Azərbaycanın o  dövrkü rəhbəri Mir Cəfər Bağırov onu olduqca yüksək qiymətləndirirdi. O dövrün repressiyalar dalğası yalnız M.C.Bağırovun ona olan yaxşı münasibəti sayəsində alimi vurmadı. Lakin o, tənbehlərdən ciddi nəticələr çıxarmalı idi.

1941-ci ildə Almaniya SSRİ üzərinə hücum edəndə Azərbaycan alimləri gecə-gündüz qələbə üçün işləyirdilər. H.Hüseynovun 1941-ci ilin əvvəlində çapa verdiyi "Dialektik və tarixi materializm haqqında" əsəri hələ müharibədən əvvəl işıq üzü gördü. Müharibə illərində alim əsasən faşist ideologiyasına qarşı yönələn elmi-kütləvi kitabça və məqalələr çap etdirir. 1941-ci ildə onun "Faşizmin irqi nəzəriyyəsi", "Faşizm elmin düşmənidir" və "Faşist cəlladlarının "fəlsəfəsi", 1942- ci ildə "Faşizmin məhvi labüddür" kimi kitabları nəşr olunur. Elə bu zaman, müharibə illərində döyüşçülərimizi konkret tarixi misallarla ruhlandırmaq üçün H.Hüseynovun təklifi ilə məşhur sərkərdə Əli ağa Şıxlinskinin xatirələri qələmə alınmış və nəşr edilmişdir. Ə.Şıxlinski 1943-cü ildə vəfat edəndə yenə də məhz alimin təklifi ilə onun dəfni təntənəli şəkildə keçirilmişdir. 1944-cü ildə doktorluq dissertasiyasını müvəffəqiyyətlə müdafiə etmiş H.Hüseynov həmin ildə professor adına layiq görülmüşdür. Azərbaycan Dövlət Universitetində fəlsəfə kafedrasının müdiri işləyən H.Hüseynov əvvəllər olduğu kimi, Azərbaycan filosofları haqqında material toplamaqda davam edirdi.

Maraqlıdır ki, məhz onun təklifi ilə universitetin tarix fakültəsi nəzdində əvvəlcə fəlsəfə şöbəsi, sonra isə müstəqil fəlsəfə kafedrası yaradılmışdır.

1945-ci ildə Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyası yaradılanda Heydər Hüseynov akademik adına layiq görülmüş və akademiyanın vitse-prezidenti seçilmişdir. Həmin ildə o, Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi yanında Partiya Tarixi İnstitutunun direktoru təyin edilmişdir. 1946-cı ildə alim dördcildlik "Rusca-azərbaycanca lüğət”-in redaktoru olmuşdur. Onun "Marksist dialektik metod" (1945), "Nizaminin sosial görüşləri haqqında" (1946), "Azərbaycan və rus xalqlarının tarixi həmrəyliyi haqqında" (1946) əsərləri dərin məzmunu ilə seçilirdi. Onların bəzilərindən hətta ali  məktəblərdə dərslik kimi istifadə edilirdi. 1948-ci ildə alim SSRİ Dövlət mükafatına layiq görülmüşdür.

Azərbaycan mədəniyyəti nümayəndələrinin zəngin irsini öyrənmək arzusu ilə alışıb-yanan alim sovetlərin yaratdığı cansıxıcı mühitdə xalqımızın mədəni irsini istədiyi kimi öyrənib yaya bilməməsindən çox əziyyət çəkirdi. Ölkədə kommunist ideologiyasının öyrənilməsinə cavabdeh olan H.Hüseynov yaxşı bilirdi ki, kommunist partiyasının müddəalarına qarşı ən xırda çıxış belə onun sonu olacaq. Lakin o, həqiqəti açıq demək qərarına gəldi. 1949-cu ildə "XIX əsrdə Azərbaycanda ictimai və fəlsəfi fikir tarixindən" adlı elmi əsəri işıq üzü görən kimi böyük səs-küyə səbəb oldu. Əsərdə Azərbaycan xalqının fəlsəfi və ictimai-siyasi fikrinin əsas inkişaf mərhələləri müəyyənləşdirilmiş, M.Ş.Vazeh, A.Bakıxanov, M.F.Axundov və başqalarının dünyagörüşü səciyyələndirilmişdi. Alim tarixi faktlara əsaslanaraq Azərbaycan ziyalılarının böyük elmi irsini olduğu kimi göstərmiş, onlara, həmçinin türk və müsəlman dünyasının tarixi şəxsiyyətlərinə vurulan damğaların ağ yalan olmasını sübut etmişdir; misal üçün, sovet tarixşünaslığında Şeyx Şamilin ingilis xəfiyyəsi kimi qələmə verilməsini cəfəngiyat adlandırmış, onun azadlıq mübarizəsinin lideri olması, Azərbaycanla sıx əlaqədə olub ölkəmizdən dəstək almasını üzə çıxarmışdır. Kitab çıxandan sonra sovet repressiya aparatı, təbii ki, dərhal işə salındı: alimin məsələsi müxtəlif səviyyəli idarələrdə müzakirə olunmağa başlandı. Hamı onun vəzifələrdən çıxarılacağını gözlədiyi bir vaxt qəfil xəbər gəldi ki, Heydər Hüseynov 1950-ci il avqust ayının 15-də bağ evində özünə sui-qəsd etmiş və həlak olmuşdur.