Birləşdirmə siyasətini davam etdirən Fətəli xan Müşkür, Niyazabad, Şabran, Rustov, Beşbarmaq əyalətlərini də Quba xanlığına birləşdirir. Köçürmə siyasətindən istifadə edən Fətəli xan ən mühüm strateji məntəqələrdə tərəfdaşlarını məskunlaşdırır, qalalar inşa etdirir.

"Nikah diplomatiyası"-dan məharətlə istifadə edən Fətəli xan bacısı Xədicə Bikəni Bakı xanı Məlik Məhəmməd xana ərə verir və onunla sıx əlaqələr yaradır. Tədricən Bakı xanlığının məsul vəzifələrinə öz  adamlarını yerləşdirən Fətəli xan bu yolla xanlığı özündən asılı vəziyyətə salır. Bununla da Xəzərdə iki ən mühüm liman-Dərbənd və Bakı limanları Fətəli xanın nəzarəti altına keçir. Eyni zamanda Şimal-Şərqi Azərbaycanın torpaqları bir hakimiyyət altında birləşdirilir, bu da regionun inkişafına müsbət təsir göstərir.

Vahid  Azərbaycan  dövləti  yaratmağa  çalışan  Fətəli  xan  bu  yolda  ilk olaraq  keçmiş Şirvanşahlar dövlətini əhatə  etmiş  əraziləri, sonra  bütün Şimali Azərbaycanı birləşdirməyi və ən nəhayət, Cənubi Azərbaycan xanlıqlarını ilhaq etməyi qarşıya məqsəd qoyur.

1767-ci ildə Şəki xanı ilə ittifaq bağlayan Fətəli xan Şamaxı xanlığına zərbə endirir. Ərazi baxımından ən böyük xanlıq olmasına baxmayaraq, uzun illər boyu hakimiyyət uğrunda daxili mübarizələrdən əziyyət  çəkən Şamaxı xanlığı Şəkinin şimal-qərbdən və Qubanın şimal-şərqdən endirdikləri zərbələrə tab gətirə bilmir. Şamaxı xanlığı zəbt edilir, onun torpaqları Şəki və Quba xanlıqları arasında bölüşdürülür. Fətəli xan Şirvanın mərkəzində özünə dayaq yaratmaq məqsədi ilə Dərbənd ətrafından öz tərəfdaşlarını Şamaxıya köçürür. Şamaxının işğalı Fətəli xana Cavad və Talış xanlığını təzyiq altında saxlamağa imkan verir. Dərbənddən Gilanadək zəngin torpaqların birləşdirilməsi Quba xanlığının hərbi, ticarət-iqtisadi əhəmiyyətini artırır.

Fətəli xan böyük qonşu dövlətlərlə olduqca ehtiyatlı siyasət əlaqələri qurur. Belə ki, İranda hakimiyyətdə olan Kərim xan Zənd onunla ittifaq bağlamaq niyyətini bildirsə də, hətta qohumluq əlaqəsi yaratmağı təklif etsə də, Fətəli xan heç bir vədlər vermədən və ittifaqlar yaratmadan normal ticarət əlaqələri qurmağa çalışır.

1769-cu ildə Kərim xan Zənd böyük nümayəndə heyəti ilə  hədiyyələr göndərib Rusiyaya qarşı ittifaq imzalamağı təklif edəndə belə Fətəli xan bu təklifi rədd edir. Osmanlı sultanı III Mustafanın göndərdiyi elçilər də Fətəli xanı ittifaqa sövq etməyə çalışır, lakin o, mahir diplomat kimi bundan qaça bilir. Rusiya imperiyası qoşunlarını Şimali Qafqazda yerləşdirib möhkəmlətməsinə baxmayaraq

Fətəli xan Rusiya ilə də yalnız sırf ticarət əlaqələri qurmağa çalışır. Səfirlərlə danışıqlar zamanı o dönə-dönə vurğulayır ki, Azərbaycanı vahid və müstəqil görmək istəyir, bütün qonşularla isə normal ticarət əlaqələri qurmağa çalışır.

Özünü kifayət qədər möhkəm hiss edən Fətəli xan keçmiş müttəfiqi Şəki xanı ilə münaqişəyə girir və Şamaxı xanlığından Şəkiyə ayrılan payı zəbt edir. Münaqişə qızğın müharibə həddinə çatmasa da, Şəki xanının ona düşmən olması Fətəli xanın vəziyyətini kəskinləşdirir.

XVIII əsrin 70-ci illərində artıq Fətəli xana qarşı ittifaq formalaşmışdı. İttifaqa Şəki xanından başqa, keçmiş Şamaxı xanı, həmçinin, Azərbaycan və Dağıstanın bir sıra xırda feodal hakimləri də daxil idi. İttifaqla toqquşmalarda məğlub olan Fətəli xan Şamaxı xanlığını itirir, geriyə çəkilməyə başlayır. 1774-cü ildə Xudat yaxınlığında Gavduşan düzündə tərəflər arasında həlledici döyüş baş verir.

Fətəli xan məğlub olur və tərəfdaşları onu ağır yaralı vəziyyətdə Salyana aparırlar. İttifaq qoşunları Qubanı tuturlar, lakin Bakı və Dərbəndi işğal edə bilmirlər. Yaraları sağaldıqdan sonra Fətəli xan gizlin Dərbəndə gəlir və burada müdafiəyə başçılıq etməyə başlayır. 9 aydan artıq davam edən mühasirə zamanı böyük  itkilər verən Fətəli xan Həştərxanda yerləşən Rusiya qüvvələrindən köməklik istəyir. İmperatriçə II Yekaterinanın əmri ilə general Q.F. de Medemin başçılığı ilə rus qoşunları Dərbəndə tərəf yeridilir, Dərbəndi mühasirədən qurtarır. İttifaq qoşunları məğlub edilir.

Rusiya imperiyası özü Xəzər dənizi sahillərində möhkəmlənməyə çalışır və Fətəli xana imperiyanın tərkibinə qatılmağı təklif edir. Lakin Fətəli xan müstəqil olacağını, Rusiyaya isə həmişə himayədar və müttəfiq kimi baxacağını bildirir. De Medemin qoşunları Dərbənddən çıxarılır, lakin Rusiya Fətəli xanı "yola gətirəcəyinə" ümidini itirmir.

Fətəli xana İranın təcavüzündən qoruya biləcək bir qüvvə kimi baxan bəzi Cənubi Azərbaycan xanlıqları onun himayəsinə keçmək istədiklərini bildirirlər. Bunu dəvət kimi qəbul edən Fətəli xan 1784-cü ildə Ərdəbil və Meşkini tutur. Lakin Fətəli xanın güclənməsindən narahat olan və Azərbaycan xanlıqlarının birləşəcəyindən ehtiyat edən Rusiya qoşunlarını Dərbəndə göndərir. Fətəli xan Ərdəbil və Meşkini tərk etməyə məcbur olur. Bütün diqqətini Şimali Qafqaza yönəltmiş Fətəli xan müxtəlif vasitələrlə yerli hakimləri özündən asılı vəziyyətə salır. Lakin Qarabağ xanlığına yürüşü uğursuz olur və o məcburiyyət qarşısında geri çəkilir.

1787-ci ildən başlayaraq İran hökmdarlarının Şimali Azərbaycana yürüş ehtimalı artanda Fətəli xan gürcü çarı II İraklinin Rusiyanın müttəfiqi olduğunu bilə-bilə onunla ittifaq haqqında danışıqlara başlayır. 1789-cu ildə danışıqlar zamanı özünü pis hiss edən Fətəli xanın səhhəti kəskin şəkildə pisləşir. Qarın nahiyəsində başlayan ağrılar nəticəsində 1789-cu ildə o vəfat  edir.  

Alimlərin ehtimallarına görə Fətəli xan II İraklinin adamları tərəfindən zəhərləndirilibmiş. Fətəli xanın Bakıya gətirilən cənazəsi Şıx qəbiristanlığında dəfn edilir.