Əli ağa Şıxlinski 1865-ci il aprelin 23-də Qazaxda zadəgan ailəsin də anadan olub. 1883-cü ildə Tiflisdə Mixaylov artilleriya məktəbinə qəbul edilən Şıxlinski oranı fərqlənmə diplomu ilə bitirib. Təhsilini başa vurduqdan sonra Əli ağa Qafqaz hərbi dairəsinin topçu hissələrində xidmət edib.

Şıxlinski müharibə ab-havası gələn Uzaq Şərqə təyinat alır. O, 1900-cü ildə Zabaykal topçu divizionunda çalışmağa başlayır. Rus qoşunlarının Çin yürüşündə iştirak edən Şıxlinski döyüşlərdə fərqlənir, 1904-cü ildə topçu batareyasının komandiri vəzifəsində Port-Artura göndərilir.

1904-1905-ci illər rus-yapon müharibəsi ona şöhrət gətirir. Son döyüşlərin birində ayağından yaralanan pod-polkovnik Şıxlinskini yaponlar əlil hesab edib əsir götürmürlər. Lakin Peterburqda müalicə alan Şıxlinski çox keçmir ki, yenidən ordu sıralarına qayıdır. Artilleriya hissələrində xidmətini davam etdirən Şıxlinski 1907-ci ildə Ali Zabit Artilleriya Məktəbinə daxil olur. Məktəb Rusiya ordusu artilleriya hissələri üçün dərin biliklərə malik zabit kadrları yetişdirir və faktik olaraq artilleriya üzrə akademiya hesab edilirdi.

1910-cu ildə məktəbi bitirən Şıxlinski yenidən Qafqaz hərbi dairəsində divizion komandiri vəzifəsində xidmətini davam etdirir. 1912-ci ildə onun təklif etdiyi yeni atəş üsulu "Şıxlinski üçbucağı" adı altında hərb elminə daxil olmuşdur.

"Səhra toplarının cəbhədə işlədilməsi" kitabı isə artilleriya zabitlərinin stolüstü kitabına çevrilmişdir.

1912-ci ildə Ali Zabit Artilleriya Məktəbinə rəis müavini, 1913-cü ildə isə məktəbin rəisi təyin edilən Şıxlinskiyə həmin ildə general-mayor rütbəsi verilir.

1914-cü ilin sonlarında Şıxlinski yenidən artilleriya hissələrinə qayıdır. Rusiya ordusunda məşhur topçu kimi tanınan Şıxlinski Rusiya paytaxtı Petroqradın müdafiə sisteminin artilleriya rəisi təyin edilir. Bu vəzifədə olarkən o, şəhər ətrafında artilleriya mövqelərinin seçilib qurulmasında, Baltik dənizi və Fin körfəzi sahillərində artilleriya batareyalarının yaradılmasında, həmçinin, yeni yaranan zenit artilleriya hissələrinin formalaşdırılmasında yaxından iştirak edir.

1915-ci ildə müharibə mövqe xarakterini alır. Belə vəziyyətdə Şıxlinskinin elmi kitabları yada düşür, onların əsasında yeni növ artilleriya -ağır artilleriya hissələri təşkil olunmağa başlanılır. Bu zaman Şıxlinski əvvəlcə Qərb cəbhəsinin ağır artilleriya rəisi, sonra isə ali baş komandan-imperator yanında artilleriya üzrə general təyin edilir. Şıxlinski qısa müddət ərzində ağır artilleriya hissələrinin təşkil edilib döyüşlərdə iştirakını təmin edir. Onun artilleriya hissələri məşhur Brusilov həmləsində özlərini tamamilə doğruldurlar.

1916-cı ildə bütün Qərb cəbhəsinin artilleriya inspektoru təyin edilən Şıxlinskiyə xidmətlərinə görə 1917-ci ilin əvvəllində general-leytenant rütbəsi verilir. Əli ağa Şıxlinski 10-cu ordunun komandanı təyin edilir. Lakin bu zaman Rusiya imperiyası artıq dağılmaqda idi. Belə vəziyyətdə Şıxlinski vətəninə-Azərbaycana qayıdır.

Rusiya ordusunda xidmət zamanı Rusiya ordenləri sırasında ən yüksək hərbi təltif nişanı sayılan "Müqəddəs Georgi" ordeninin 4-cü dərəcəsi, "Ağ qartal”, "Aleksandr Nevski" ordenləri, "Müqəddəs Stanislav" və "Müqəddəs Anna" ordenlərinin bütün dərəcələri, "Müqəddəs Vladimir" ordeninin 4, 3 və 2-ci dərəcələri, həmçinin, üzərində "İgidliyə görə" sözləri yazılan fəxri qızıl qılınc, Fransanın "Fəxri legion" və digər Antanta dövlətlərinin ordenləri ilə təltif edilmişdir.

Bakıda möhkəmlənən erməni-bolşevik qüvvələri əhaliyə divan tutur, xalqımıza qarşı genosid törədirdilər. Belə bir vaxtda Müsəlman Korpusu yaradılmağa başlandı və Şıxlinski onun komandanı təyin edildi. Kifayət qədər silah və  sursatı, zabit  kadrları olmayan ilk  hərbi hissələrimiz qəhrəmanlıqla döyüşə atılsalar da, düşmənin üstün qüvvələri qarşısında geriyə çəkilirdilər. Belə şəraitdə müstəqilliyini elan etmiş Azərbaycan qardaş Türkiyə dövlətinə müraciət etməli oldu. Göyçay döyüşlərində darmadağın edilən erməni-bolşevik qüvvələri tutduqları ərazilərdən qovuldu və nəhayət, sentyabrın 15-də Bakı şəhəri düşməndən azad edildi. 1918-ci ilin noyabr ayında türk qoşunları Azərbaycandan çıxarıldı. Azərbaycan isə öz hissələrini tərtib etməkdə davam edirdi. Azərbaycan Ordusunda Şıxlinski hərbi nazir Mehmandarovun müavini təyin edildi. Müstəqil Azərbaycanın ordusunun yaradılmasında onun böyük əməyi olmuşdur.

1919-cu ildə ona tam artilleriya generalı rütbəsi verilmişdir.

1920-ci ildə müstəqil dövlətimiz süquta uğrayanda Şıxlinski vətəndə qalmaq qərarına gəldi. Sovetlər tərəfindən həbs edilən general 2 aydan sonra N.Nərimanovun səyləri ilə azad edildi və Mehmandarovla bərabər Moskvaya göndərildi.

Daimi Artilleriya Komissiyasının üzvü seçilən Şıxlinski, həmçinin, Ali Artilleriya Məktəbində sovet artilleriya zabitlərinə dərs demiş, artilleriya nizamnaməsi hazırlayan komissiyanın işində iştirak etmişdir.

1921-ci ildə N.Nərimanov və Ə.Qarayevin xahişi ilə Bakıya qaytarılan Şıxlinski Bakı Qarnizonu Hərbi-Elmi Cəmiyyətinin sədr müavini olmuş, Sovet Azərbaycanı Ordusunun Qərargahında işləmiş, Azərbaycan Komandirlər Məktəbində dərs demişdir. 1928-1929-cu illərdə o, Azərbaycanda ilk hərbi jurnal olan "Hərbi bilik" jurnalını nəşr etdirmişdir. Tərcümə fəaliyyəti ilə məşğul olan Şıxlinski ilk hərbi lüğətimizi tərtib etmişdir ki, burada rus, türk və fars dillərində olan hərbi terminlər Azərbaycan dilində verilmişdir.

Lakin müstəqilliyin son atributlarını itirən Azərbaycanda məşhur generala yer tapılmır. O, bütün vəzifələrdən çıxarılır. Buna baxmayaraq o, respublikanın ictimai həyatında yaxından iştirak edir və Azərbaycanda Qızıl Aypara Cəmiyyətinin açılmasına nail olur.

İki dünya müharibəsi arasında hərbi yeniliklərlə maraqlanan Şıxlinski hərbi aviasiyanın gələcəkdə oynayacağı roldan böyük həvəslə danışır, mühazirələri elmi jurnallarda çap edilirdi. Onun ehtimalları II Dünya müharibəsi cəbhələrində təsdiqini tapırdı. Ömrünün son illərində öz xatirələrini qələmə alan Şıxlinski Azərbaycanda ilk hərbi memuar kitabı sayılan "Mənim xatirələrim" kitabını yazmışdır. Bu kitab müəllifin vəfatından sonra-1944-cü ildə işıq üzü görmüşdür.

Əli ağa Şıxlinski 1943-cü ildə  Bakı  şəhərində vəfat edib və II Fəxri xiyabanda dəfn olunub. Həyat yoldaşı, məşhur Qayıbovlar nəslinin nümayəndəsi, Azərbaycanın ilk şəfqət bacısı Nigar xanım Şıxlinskayanın məzarı da onun məzarının yanındadır.