İnzibati mərkəzi Ağdərə şəhəri olub. 1992-ci ilin oktyabrında Azərbaycan hökumətinin qərarı ilə Ağdərə rayonunu ləğv edilərək, ərazisi Dağlıq Qarabağa aid olmayan üç rayon - Tərtər, Ağdam, Kəlbəcər rayonları arasında bölünüb.
Erməni işğalına qədər Ağdərənin 14 kəndində 14 mindən çox azərbaycanlı yaşayıb. Rayon Dağlıq Qarabağdakı bir çox ərazilər kimi Qarabağ müharibəsinin başlanğıcında erməni silahli qüvvələrinin nəzarəti altına keçir.
1992-ci ildə Azərbaycan ordusunun hücumu nəticəsində Ağdərə rayonu ərazisinin bir çox hissəsi erməni işğalçılarından azad edilir. Bir il boyunca Ağdərə şəhəri ətrafındakı kəndlərdə və yüksəkliklərdə aramsız döyüşlər gedir.
7 iyul 1993-cü ildə Ağdərə şəhəri və rayonun bir çox kəndləri işğal edilir.
Qeyd edək ki, hazırda keçmiş Ağdərə rayonunun bir neçə kəndi Azərbaycan Respublikasının nəzarətində olsa da, Ağdərə şəhəri də daxil olmaqla ərazilərinin çox hissəsi Ermənistan silahlı qüvvələrinin nəzarəti altındadır.