Azərbaycanda türkçülük hərəkatı ideoloqlarından biri. Görkəmli ictimai-siyasi xadim, publisist, yazıçı, hüquqşünas, şərqşünas-islamşünas alim.
Əsilzadə ailəsində anadan olmuşdur; valideynləri Qarabağ xanlığının əsasını qoyan Pənahəli xanın nəslindəndir. İlk təhsilini Şuşadakı rus məktəbində və Tiflis gimnaziyasında almışdır. Peterburq Mühəndis-Texniki İnstitutuna daxil olmuş, lakin təhsilini yarımçıq qoymuş, Parisə gedərək, hüquq məktəbini və Sorbonna Universitetini bitirmişdir. Burada Şərq xalqlarının tarixini, ərəb, fars və türk dillərini mükəmməl öyrənmiş, 1890-cı ildə Şərq fəlsəfəsinə və ədəbiyyatına dair ilk elmi məqaləsini nəşr etdirmişdir. Bunun ardınca müxtəlif məcmuələrdə digər yazıları da dərc olunmuşdur. Əhməd bəy Ağayev 1892-ci ildə, 23 yaşında Londonda keçirilən Beynəlxalq şərqşünaslıq konqresində "Şiə məzhəbinin mənbələri" mövzusunda məruzə etmiş, məruzə konqresin qərarı və Kembric Universitetinin vəsaiti ilə bir neçə Qərb dillərində dərc olunmuşdur. Bu əsərinə görə İran şahı ona firuzə qaşlı üzük bağışlamışdı. Həmin dövrdə Əhməd bəy Ağayev Fransada yaşayan gələcəyin "Gənc türkləri", habelə Şərqin böyük mütəfəkkiri, ictimai-siyasi xadimi, avropalıların "müsəlman dünyasının mümtaz siması" adlandırdığı Şeyx Cəmaləddin Əfqani ilə tanış olmuşdu. Bu tanışlıq onun dünyagörüşünə, ictimai-elmi fəaliyyətinə güclü təsir göstərmişdir. Bu illərdə Ağayev vətənlə də əlaqələrini kəsməmiş, Tiflisdə rus dilində nəşr olunan "Kavkaz" qəzetində ardıcıl olaraq məqalələr dərc etdirmişdir.
1894-cu ildə vətənə qayıdan Əhməd bəy Ağayev Azərbaycan dilində "Məşriq" qəzetini çıxarmaq üçün hökumətdən icazə istəsə də, rədd cavabı almışdır. 1896-cı ildə Şuşaya gedərək, realnı məktəbdə fransız dilindən dərs demiş, qiraətxana-kitabxana açmış, ilk teatr tamaşaları təşkil etmişdir. 1897-ci ildə məşhur milyonçu-xeyriyyəçi Hacı Zeynalabdin Tağıyevin dəvəti ilə Bakıya gələrək, realnı məktəbdə fransız dili müəllimi işləmiş, "Kaspi" qəzetində əməkdaşlıq etmiş, Əlimərdan bəy Topçubaşovun redaktorluğu (1898-1907) dövründə qəzetin ədəbi şöbəsinin müdiri olmuşdur. "İslama görə və islam aləmində qadın", "İslam, axund və hatifülqeyb" kitablarında, habelə "Kaspi"də dərc etdirdiyi "Müsəlman söhbətləri", "Müsəlman xalqlarının vəziyyəti" adlı silsilə məqalələrində Əhməd bəy Ağayev müsəlman xalqlarının düşdüyü acınacaqlı vəziyyəti təhlil edir, bunun səbəblərini göstərir, müsəlman xalqlarına böhtan atan əcnəbi müəlliflərə tutarlı cavablar verərək, islam dünyasının şair, alim və mütəfəkkirlərindən söhbət açırdı. Bu illərdə Məhəmməd ağa Şahtaxtlının Tiflisdə nəşr etdirdiyi "Şərqi-Rus" qəzetində, habelə Kəlküttə və Qahirə mətbuatında da məqalələri dərc olunmuşdur. O, "Nicat", "Nəşri-maarif", "Səadət" kimi xeyriyyə cəmiyyətlərinin təşkilində və fəaliyyətində də yaxından iştirak etmişdir. 1905-ci ilin iyunundan Əli bəy Hüseynzadə ilə birlikdə Azərbaycanda milliyyətçilik düşüncəsinin formalaşmasında mühüm rol oynamış "Həyat" qəzetinin redaktoru idi. 1905-ci il dekabrın 19-dan "İrşad" qəzetini, 1907-ci ildə isə, eyni zamanda, rus dilində "Proqress" qəzetini nəşr etdirmişdir. 1908-ci ilin iyunundan "Tərəqqi" qəzetini çıxarmağa başlamış və Türkiyəyə gedənə qədər (1909) onun naşiri olmuşdur.
Əhməd bəy Ağayev 1905-ci ildə erməni-daşnak quldurlarının çarizmin fitvası ilə Azərbaycan xalqına qarşı törətdiyi soyqırımları zamanı dərc etdirdiyi məqalələrində bu faciələrin əsl günahkarları olan çar hakimiyyəti orqanlarının və erməni daşnakların iç üzünü açıb göstərirdi. O, Qafqaz canişininin milli qırğınların kəskinləşməsi ilə əlaqədar 1906-cı il fevralın 20-də Tiflisdə çağırdığı "barışdırıcı qurultay"da Əlimərdan bəy Topçubaşov, Qara bəy Qarabəyov və İsgəndər bəy Hacınski ilə birlikdə Bakı şəhərinin ali sosial təbəqələrinin nümayəndəsi kimi iştirak edərək, Azərbaycan tərəfinin proqramını bəyan etmişdi. Əhməd bəy Ağayev qurultaydakı çıxışında xalqların hüquq bərabərliyinin təmin edilməsini, Azərbaycan xalqına qarşı milli qırğınlara dərhal son qoyulması üçün "Daşnaksutyun" partiyasının və digər erməni təşkilatlarının buraxılmasını, əks halda, Azərbaycan tərəfinə də müdafiə olunmaq üçün ordu yaratmağa icazə verilməsini cəsarətlə tələb etmiş, gətirdiyi tutarlı dəlillərlə, faktlarla milli qırğınlara bais olan erməni liderlərini susdurmuşdur. Həmin hadisələrdən sonra Əhməd bəy Ağayev Azərbaycan xalqının hüquqlarnı qorumaq məqsədilə 1906-cı ildə "Difai" partiyasını yaratmışdı. O, Bakı müsəlman sahibkarlarının xahişi ilə iki dəfə şəxsən II Nikolayın və onun nazirlərinin qəbuluna getmiş, Rotşild, Nobel kimi neft maqnatlarının Bakının neft yataqlarına sahib olmasına mane olmağa çalışmışdır. Əhməd bəy Ağayevin bu səfərləri və fəaliyyəti sayəsində azərbaycanlıların Bakı ətrafındakı neftli torpaqlardan köçürülməsi dayandırılmışdır. Təqiblər üzündən 1909-cu ildə Türkiyəyə mühacirət edən Əhməd bəy Ağayev burada "Gənc türklər'lə yaxınlaşmış, "İttihad və tərəqqi" partiyasına daxil olmuşdu. O, elmi, ictimai və publisistik fəaliyyətini davam etdirərək, "Tərcümani həqiqət" qəzetinin redaktoru, "Türk yurdu" jurnalının yaradıcılarından olmuş, türkçülük hərəkatının əsas ideoloqlarından biri kimi, Əli bəy Hüseynzadə, Ziya Göyalp, Yusif Akçura, Həmdullah Sübhi və b. ilə çiyin-çiyinə çalışmış, Afyon-Qarahisardan Osmanlı parlamentinə deputat seçilmişdir. 1915-ci ildə Rusiyada yaşayan azsaylı xalqların Lozannada keçirilən konfransında Azərbaycanın təmsilçisi kimi çıxış etmişdir. O, Əli bəy Hüseynzadə, Əbdürrəşid İbrahimov və Yusif Akçura ilə birlikdə Rusiya imperiyasında yaşayan türk xalqlarının dözülməz vəziyyəti ilə bağlı ABŞ prezidenti V.Vilsona təqdim olunan müraciəti imzalamışdır.
Əhməd bəy Ağayev 1918-ci ildə xalqın bolşevik-daşnaklara qarşı mübarizəsinə kömək üçün göndərilmiş Qafqaz İslam Ordusunun komandanı Nuru paşanın siyasi müşaviri kimi Azərbaycana gəlmişdir. Həmin il iyunun 16-da Milli Şura və Hökumət Tiflisdən Gəncəyə köçərkən bu Hökumətin həyata keçirmək istədiyi tədbirlərin "həddindən artıq demokratik istiqamətindən" narazı qalan Azərbaycan burjuaziyası və mülkədarlarının təsiri altında Gəncədə real hakimiyyətə malik olan Türkiyə qoşunları komandanlığı ilə Milli Şura arasında anlaşılmazlıq yarandıqda Nuru paşanın yanında böyük nüfuzu olan Əhməd bəy Ağayev qarşılıqlı güzəştlər əsasında ümumi razılığa gəlməkdə vasitəçilik etmişdi. Onun təklifinə görə, Milli Şura buraxılmalı və bütün hakimiyyət yeni yaradılacaq Hökumətə həvalə olunmalı idi. 1918-ci il iyunun 17-də bu məsələni müzakirə edən Milli Şura yeni Hökumət təşkil etməyə və özünün bütün səlahiyyətlərini müvəqqəti olaraq ona verməyə razı olmuşdu.
Əhməd bəy Ağayev Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Parlamentinin üzvü seçilmişdi. 1918-ci ildə general Tomsonla danışıq aparmaq üçün xüsusi nümayəndə heyətinin tərkibində Ənzəliyə göndərilmişdi. Həmin il dekabrın 28-də Paris sülh konfransında iştirak edəcək Azərbaycan nümayəndə heyətinin tərkibinə qatılmış, lakin İstanbulda "türk jurnalisti və Türkiyə parlamentinin deputatı" kimi təqdim olunaraq, ingilislər tərəfindən həbs edilmiş, "İttihad və tərəqqi" partiyasının rəhbərləri ilə birlikdə Malta adasına sürgün olunmuşdu. Sürgün olunanlar Atatürkün təşəbbüsü ilə ingilis hərbi əsirləri ilə dəyişdirilərkən, Ağayev də 26 aylıq sürgündən sonra, 1921-ci il mayın 28-də İstanbula qayıdaraq, yenidən milli hərəkata qoşulmuş və qurtuluş savaşının fəal iştirakçılarından olmuşdur. 20-ci illərdə Türkiyənin dövlət mətbuat bürosuna müdir təyin edilən Əhməd bəy Ağayev Qars bölgəsindən iki dəfə Türkiyə Böyük Millət Məclisinə deputat seçilmiş, Ankara Universitetinin professoru, eyni zamanda, "Hakimiyyəti-milliyyə" qəzetinin redaktoru olmuşdur. Əhməd bəy Ağayevin dünyagörüşü və ictimai fəaliyyəti səmərəli, mürəkkəb, həm də, müəyyən dərəcədə, ziddiyyətli olmuşdur. Həyatının müxtəlif dönəmlərində dünyagörüşü və siyasi düşüncəsi üç ana xətt üzərində cəmlənmişdir: İslamçılıq, Qərbçilik və Türkçülük. O, Qərb mədəniyyətindən öyrənmək fikrini yazılarında ardıcıl olaraq irəli sürmüş, İslama baxışlarında demokratik mövqedən çıxış etmişdir. Əhməd bəy Ağayev Azərbaycan türklərində milliyyətçilik və türkçülük şüurunun oyanmasında və güclənməsində çox mühüm rol oynamışdır. Sovet dönəmində ona qatı "panislamist", "pantürkist" damğası vurularaq, adı və əsərləri qadağan edilmişdi. Həyatının və əsərlərinin geniş surətdə öyrənilməsinə son illərdə başlanmışdır.
19 may 1939-cu ildə İstanbulda dünyasını dəyişib. Ağaoğlunun cənazəsi Nişantəpədəki evindən, Təşfikiyyə camisinə gətirilib. Cənazə namazı qılındıqdan sonra isə Feriköy məzarlığında həyat yoldaşının yanında dəfn olunub.
Əsərləri:
Şiə məzhəbi və onun mənbələri. London, 1892
İslama görə və islam aləmində qadın. Tiflis, 1901
Üç mədəniyyət. Ankara, 1927
İngiltərə və Hindistan. Ankara, 1927
Sərbəst insanlar ölkəsində. Ankara, 1930
Hüquq tarixi. İstanbul, 1932
Dövlət və fərd. İstanbul, 1932
Etrusk mədəniyyəti və bunların türk mədəniyyəti üzərinə təsiri. İstanbul, 1933
Mən neyəm? Ankara, 1939
Könülsüz olmaz. Ankara, 1941
İran və inqilabı. Ankara, 1941
İxtilalmı, inqilabmı? Ankara, 1942
Sərbəst firqə xatirələri. Ankara, 1949
Əsərləri. Bakı, 1992