Teon Hipatiyanın atası görkəmli astronom və mexanikanın bilicisi idi. O fəxr edirdi ki, işi böyük alim Museynoy, Evklid, Apoloniy Preqsky və Klavdi Potolemey kimi şəxsiyyətlərin elmi cəmiyyəti məhz fəaliyyət göstərdiyi məktəbə məxsusdur. Hipatiya atasının dərslərinə daha çox maraq göstərməyə başladı. O həndəsəni çox sevdi və çoxlu kiçik lövhələr çəkdi, bununla da öyrənərək, teoremləri sübut etməyə çalışdı. Onun gecə ulduzlu semanı seyr etmək xoşuna gəlirdi. Onun qardaşı da atasının rəhbərliyi əsasında uğurlu riyaziyyatçı olsa da, lakin Hipatiyadan geri qalırdı. Hipatiya hazırcavablığı ilə hər zaman fərqlənirdi. O hər zaman işlərinə uzun uzadı baxır, əsl sənətkarlar kimi iş görürdü. Atası Teonu təqlid edərək, astronomik müşahidələr aparmaq üçün lazım olan sadə alətlər hazırlayırdı.
Museyon artıq riyaziyyatçılar tərəfindən məhşur idi. Şəxsiyyəti təsdiq edən sənədi həkimə göstərəndə ölkədə o İsgəndəriyyə şəhərində oxuyub deyə ona dərhal etimad edirdilər. Burda Afina və Roma inkisaf fəlsəfi Neo-Platonik mətəbə idi.
Qədim filosofların kitablarından Hipatiya uzun illər keçirdi. Qeyri adi iş qabiliyyəti, ağıl kəsəri, maraqlarının genişliyi Platonun və Aristotelin ona qarşı professor Museyon hörməti qazandırmışdı. O artıq adi gənc qız geyimi əvəzinə filosofların geydiyi qara plaşda gəzməyə başladı. Onun qeyri-adi biliyi artıq bütün dünyada geniş yayılmışdır. İsgəndəriyyədə Misir incisi alimlər üçün məşhur olmuşdu. İndi Hipatiya artıq onların yeni qürur hissi idi.
Böyük kitabxana, cəmiyyət, incə bilikli insanlar, gözəl ürəkli auditoriya şagirdləri- sanki hər şey elmlə rahat məşğul olmaq üçün şərait yaratmışdır. Lakin bu sülh və çinar ağacları altında Museyon yox idi. Lakin illər bədbəxtçilik, narahatlıq və göz yaşı içində keçirdi. Roma imperiyası dağıldı. Daxili çəkişmələr içində dövlət üzülmüş agır vergilərə müharibələrə hökmdarların zorakılığına məruz qalmışdı. Həyəcan təkcə sərhəd vilayətlərdə idi ki, orda ağalıq barbarların beynində və ruhunda hökm sürürdü. Yetmiş il Konstantin xristianlıq dininə hakim oldu lakin möcüzə baş vermədi. Həyatda ədalətsizlik və zülm əvvəlki kimi dolu idi. Elə həmin bəlalar Roma dünyasıni məhv elədi, imperatorlar hakimiyyət üstündə yenə mübahisə etdilər. Sədaqətli adamlar köhnə tanrılarına, yəni bütlərə inananlar bütün bu bəlaların xristian dininin gətirdiyinə inanırdılar, lakin xristiyan kilsələrindən isə bütpərəstliyi bir dəfəlik məhv etmək üçün ucadan şüarlar səsləndirirdilər.
İsgəndəriyyə yepiskopu Feofil çox səbirsiz biri idi. O, Misirdə istisnasız olaraq bütün bütpərəst məbədlərin məhv edilməsi barədə imperatorun fərmanı nəticəsində nail olurdu. Bütlərə ibadət etmək və onlara qurban etməkdə qadağa az idi. Feofil utanmırdı ki, onun həvəsi arxasınca qanlı iğtişaşlar və insan ölümü gəlirdi.İ sgəndəriyyə camaatı gözəl görünüşlü və valehedici gözəlliyi olan bu məbədləri dağıtmağa çalışanlara müqavimət göstərirdi. Amma nə qədər ki o bütlər salamat qalırdı Feofil sakitləşə bilmirdi. O yorulmaq bilmədən onları məhv etməyə çalışırdı.
Bu gün Hipatiyanın həyatında ömrü boyu qorxulu yuxu kimi qaldı ki, real həyatda buna inanmaq çox çətin idi. Səhər rahiblərin başçılıq etdiyi böyük bir dəstə Serapeuma doğru cumdu. Gözətçilər həyəcan siqnalı verib qapını bağlamağa macal tapdılar. Lakin bu yalnız finalı təxirə saldı. Hücum çox yaxşı hazırlanmış idi. Onlara Feofil özü rəhbərlik edirdi.
Əsgərlər müdafiə edilmiş məbədi bir neçə təhlükəli həmlələrlə Feofilin adamlarını küncə sıxışdırdılar. İmperatorun əmrinə görə lazım olan kimi həmin an əsgər göndərilməli idi. Silahlı düşmən qalanı mühasirəyə almışdı sanki. Hərbçilər divarı aradan qaldırmaq üçün hündür nərdivanlardan istifadə edirdi. Elə bu anda güclü Taran qapısını qırdılar və qoşun Serapuema ərazisinə axdı.
Qalanın bütün sahəsi piltələr qan içində qalmışdı. Fanatiklər, dağıdıcı ruha bürünənlər əllərinə keçən hər şeyi dağıtdılar, məhv etdilər: heykəlləri sındırır, qapıları qırır ,divarları məhv edirdilər. Fürsətdən istifadə edib hamı xəzinənin üstünə atılmışdı. Amma artıq burda yepiskopun adamları ağalıq edirdilər. Ağır mühavizəçilərlə əldə olunan qənimət xəzinə Feolfiya sarayına göndərildi.
Küçələrdə camaatın qəzəblənmiş səsləri eşidilirdi. Onda kənardan qışqıran bir rahibin səsi eşidildi: "Əclaf bütpərəstlərin bütün bütləri dağıdılsın kitabları məhv edilsin." Böyük bir ordu kitabxanaya tərəf atıldı. Bu dəlilikdir nəyin bahasına olursa olsun bunu dayandırmaq lazım idi. Alimlər kitabxananı qorumaq üçün var gücüləri ilə savaşırdılar. Onlardan bəziləri cəsarətlə möcüzələr göstərirdilər. Məsələn: Ellady tək başına doqquz nəfərlə birdən savaşırdı. Amma hər şey əbəs idi. Bu qüvvələr qeyri bərabər idi.İnsanlar adam oldürməkdən dəli olmuşdular onlar kitabxananın otaqlarına güclə soxulurdular.Qiymətsiz kitabların belə qiymətli kimi qorunub saxlandığı kitabxana alimlərin neçə-neçə əsərləri yerlə bir edilmişdi. Rahiblər isə onları daha da qızışdırırdı. Bütpərəstlik bir xəstəlikdir və onun kökünü bir dəfəlik kəsmək lazımdır! Kitabları cırır yerə atır və ayaqları ilə taptalayırdılar. Qədim əlyazmalar ki, onları yazanlar az qala bütün ömrünü onlara vermişdi hamısı cırılıb həyətə atılırdı. Bu kitablar çöldə üst-üstə yığılaraq yandırıldı. Daxili otaqları kitab anbarını Serapeuma kimi əsaslı və uzunmüddətli talan etdilər.
Hipatiya qışqırırdı, lakin bu əbəs idi, çünki artıq döyüşlərdə onun dostları həlak olmuşdu. Atası Teonun əmri ilə onu düşmənin əlindən qorumaq üçün etibarlı əllər qollarından bərk-bərk tutmuşdular. Serapisiya məbədi darmadağın edildi. Museyona artıq mövcud deyildi. İsgəndəriyyə kitabxanası demək olar ki, artıq təmamilə məhv edildi. Bu hadisələr 391-ci ildə Feofilin 6 illik hakimiyyəti dövründə baş verdi.