Şəfiqə Məmmədəmin qızı Əfəndizadə 1882-ci ildə Axalsik rayonunun Azqur kəndində tanınmış pedaqoq Məmmədəmin Şeyxzadənin ailəsində anadan olmuşdur.
İlk təhsilini evdə öz atasından almışdır. Hələ 1896-cı ildə 14 yaşında ikən o, Nuxa şəhərində şəxsi qadın məktəbində dərs demişdir. 1901-ci ildə Tiflisdə Zaqafqaziya ruhani idarəsində müəllimlik attestatı almış və həmin ildən məşhur xeyriyyəçi Hacı Zeynalabdin Tağıyevin təşəbbüsü ilə Azərbaycan qadın təhsili tarixində ilk dəfə olaraq Bakı şəhərində yenicə yaradılmış rus-müsəlman qadın məktəbində ana dilindən dərs deməyə başlamışdır. Həmin məktəbdə Şəfiqə Əfəndizadə 1910-cu ilə kimi fəaliyyət göstərmişdir. 1910-cu ildən 1920-ci ilədək o, şəhər rus-tatar (azərbaycan) qadın məktəbinin müəllimi olmuşdur. 1915-ci ildən həmçinin qadın pedaqoji məktəbindəki pedaqoji kurslarda da dərs demişdir.
Şəfiqə Əfəndizadə publisist kimi fəaliyyətinə ilk dəfə 1903-cü ildə "Şərqi-rus" qəzetində (1903-cü il, ¹7) başlamışdır. Sonralar o, "Dəbistan", "Məktəb", "Füqara füyüzatı", "Dirilik" jurnalları və "Açıq söz" qəzeti ilə əməkdaşlıq etmiş və tərbiyə mövzusuna həsr edilmiş məqalələrini çap etdirmişdir. Eyni zamanda mətbuatda yazıçı kimi də çıxış etmiş, adları çəkilən nəşriyyatlarda bədii əsərlərini çap etdirmişdir. 1914-cü ildə onun yazdığı "İki yetim" povesti isə ayrıca kitab şəklində "Kaspiy" tipoqrafiyasında ("Azərbaycan kitabı", Bakı, 1963., s.139) nəşr olunmuşdur. 1916-cı ildə o, "Açıq söz" qəzetində (¹187, 17 may 1916-cı il) Cəlil Məmmədquluzadənin "Ölülər" pyesinə ilk rə’yi dərc etdirmişdir.
1923-cü ildə "Şərq qadını" jurnalı fəaliyyət göstərməyə başlayan andan Şəfiqə Əfəndizadə jurnalla fəal əməkdaşlıq etməyə başlamış, redaksiya hey’ətinin üzvü seçilmiş, jurnalın məs’ul katibi və bədii ədəbiyyat şö'bəsinin müdiri olmuşdur.
Şəfiqə Əfəndizadə 1923-cü ildə Azərbaycan Mərkəzi İcraiyyə Komitəsinin üzvü seçilmişdir.
1906-cı ildə o, Azərbaycan müəllimlərinin I qurultayının iştirakçısı olmuşdur.
1917-ci ildə Zaqafqaziya müsəlmanlarının I qurultayında iştirak edərək söylədiyi nitqində Şərq qadınlarının hüquqsuzluğundan danışmış, yeni məktəblərin, teatrların açılmasını tələb etmişdir.
Şəfiqə Əfəndizadə 1920-ci ildə Əli Bayramov klubunun təşkilində fəal iştirak etmiş və orada yaradılmış savadsızlığın aradan qaldırılması kurslarında dərs demişdir.
1920-ci ildən sonrakı dövrlərdə dəfələrlə Zaqafqaziyada, Qafqazda, Moskvada keçirilmiş qadınlar konfransında və qurultaylarında nümayəndə kimi iştirak etmişdir.
"Şərq qadını" onun haqqında belə yazmışdı: "Şəfiqə xanım bütün Zaqafqaziyada ilk Azərbaycan dili müəlliməsi və bununla yanaşı ilk Azərbaycan qadın jurnalisti və yazıçısı olmuşdur" (1924-cü il, ¹1) Şəfiqə Əfəndizadənin şagirdləri içərisində respublikamızın görkəmli dövlət xadimi olan Azərbaycan SSR-nin maarif üzrə xalq komissarı Ayna Sultanova və Azərbaycan xalq şairi Mirvari Dilbazi və başqalarını qeyd etmək olar.
Şəfiqə Əfəndizadə 1959-cu ildə Bakı şəhərində vəfat etmişdir.
Hal-hazırda Bakı şəhəri Ysamal rayonunun 13 saylı orta məktəbi Şəfiqə Əfəndizadənin adını daşıyır.