1941-ci ildə faşist Almaniyası SSRİ-yə hücum edəndə SSRİ-nin tərkibində olan Azərbaycanın minlərlə oğul və qızları faşizmlə mübarizəyə yollanır. Azərbaycanlılar həm arxa, həm də ön cəbhədə hünər göstərirdilər. Onlara mənəvi dəstək olmaq üçün Azərbaycan mədəniyyət xadimləri əllərindən gələni əsirgəmirdilər. Onların səylərini birləşdirmək və istiqamətləndirmək Azərbaycan Sovet Yazıçılar İttifaqına həvalə olunmuşdu. Bu qurumun üzərinə düşən vəzifələri böyük məsuliyyətlə olduqca işgüzar və vətənpərvər sənətkar yerinə yetirə bilərdi. Odur ki, Səməd Vurğun ittifaqa sədr təyin olunur. Faktik olaraq müharibə illərində bütün Azərbaycan mədəniyyətinin inkişaf istiqamətlərinin müəyyən edilməsi və onların həyata keçirilməsi ilk növbədə görkəmli şairimizin adı ilə bağlıdır. Yüzlərcə konsert briqadaları təşkil edilərək cəbhələrə göndərilirdi. Onlar ön xətdə dayanan hissələrdə, hospitallarda, cəbhə üçün işləyən müəssisələrdə mədəni tədbirlərlə çıxış edirdilər.

Səməd Vurğun sovet qoşunlarının İrana yeridilməsindən istifadə edərək Azərbaycanın o dövrkü rəhbəri Mir Cəfər Bağırovun tapşırığı ilə Cənubi Azərbaycanda təbliğat işlərini təşkil edir, milli oyanışa, milli tarix və mədəniyyətə qayıdışa can atırdı. Parçalanmış Azərbaycanın birləşməsini ürəkdən arzulayan şair Cənubi Azərbaycanda milli dildə məktəb və qəzetlərin açılmasında, Təbriz Universitetinin yaradılmasında, milli ədəbiyyat və incəsənətin formalaşmasında Arazdan cənubda yaşayan azərbaycanlılara əlindən gələn köməkliyi göstərmişdir.

Təşkilati işlərlə bərabər, şair yaradıcılığını da davam etdirir. Onun "Vətən keşiyində", "Ananın öyüdü", "Moskva", "Şəfqət bacısı", "Qəhrəmanın hünəri", "Qızxanımın hünəri",  "Səadət uğrunda", "Ukrayna partizanlarına", "Mənə  belə söyləyirlər" kimi şeirləri qələbəyə inam ruhu ilə aşılanmışdı. 1944-cü ildə yazdığı "Bakının dastanı" poeması xalqımızın arxa cəbhədəki fədakar əməyinin qələbənin qazanılmasındakı rolundan söz açırdı.

Bu dövrdə şair müharibəyə nifrət bildirən fəlsəfi səpkili şeirlər də yazmışdır.  Onların  arasında  "Bütün  xalqlar,  qəbilələr  od  içindən  çıxacaqdır", "Həyat fəlsəfəsi", "Yanğın, ürək, gələcəyin toy bayramı", "Göyərçin", "Dörd söz" kimi şeirlər həyatın ölüm üzərində, xeyirin şər üzərində, həqiqətin yalan üzərində qələbəsinə həsr edilmişdir. Keçmişə qürurla yanaşaraq gələcəyə ümidlə baxmağı tövsiyə edən şair ümumbəşəri kateqoriyaların hər bir xalqa şamil edilməsinin vacibliyini bildirir, hər bir xalqın öz müqəddəratını müəyyən etmək hüququnu təbii sayırdı. 1945-ci ildə yazdığı "İnsan" mənzum romantik-fəlsəfi dramı bəşəriyyətə müharibələrin necə böyük ziyan vurduğunu göstərirdi.

Fədakar əməyinə görə 1942-ci ildə dövlət mükafatına, 1943-cü ildə "Azərbaycan SSR əməkdar incəsənət xadimi" fəxri adına layiq görülən şair A.S.Puşkinin "Yevgeni Onegin", Ş.Rustavelinin "Pələng dərisi geymiş pəhləvan", Nizami   Gəncəvinin   "Leyli   və   Məcnun"   poemalarını,   həmçinin   M.Qorki, T.Şevçenko, Xaqani, Cambul kimi klassiklərin əsərlərini Azərbaycan dilinə çevirmişdir.